В рамках реализации Государственной программы инновационного развития на 2007-2010 годы, организациями концерна «Белгоспищепром» предусмотрена реализация 15 инновационных проектов. В 2007-2008 годах на инновационную деятельность направлено 106 млрд рублей. В 2007-2008 году реализованы ряд проектов, направленных на улучшение показателей производственной деятельности организаций концерна, путем внедрения инновационных технологий.

В 2009 году концерном «Белгоспищепром» реализуется пять инновационных проектов:

- организация производства сухого свекловичного жома в ОАО «Жабинковский сахарорафинадный комбинат»;

- внедрение технологии по утилизации отходов спиртового производства на филиале «Березинский спиртзавод» в РУП «Минск Кристалл» (пилотный проект, который в случае положительного результата будет внедрен и на иных спиртзаводах республики);

- реконструкция солодовенного производства в ОАО «Белсолод» с доведением его мощности до 130 тыс. тонн;

- строительство производства по переработке масличных культур (Группа компаний «Юг Руси»);

- внедрение линии розлива соков для детского питания в упаковку Тетра Брик Асептик (РУПП «Клецкий консервный завод»).

Общий объем финансирования проектов 2009 года составляет 29,1 млрд рублей.